袁氏要求国民党人静待法庭解决宋案，但他本人却不打算真的以法律手段来解决。由于洪、应、赵三人都牵涉以非法手段操弄宪法起草，以及图谋以莫须有之证据损毁孙黄宋声誉，这一阴谋一旦在法庭上公开讯问，对作为幕后主使人的袁世凯将是重大打击，很有可能直接影响其竞选正式大总统，因此，袁世凯是绝对不会允许这种情况出现的。为此，他针对三人情况采取了不同的应对策略。
对于洪述祖，尽管麻烦都因他擅自唆使应夔丞杀宋而引起，但袁世凯更担心的是，洪述祖一旦被抓，其以非法手段倾陷政敌的阴谋将不可避免曝光于天下，因此，他对洪采取了故纵策略，让其从容逃往青岛德国租界，并与其私下交易，让其一身担责。对于应夔丞在上海法租界被抓，袁世凯得到消息后，立刻于3月27日召开会议，与各国务员密议一切善后办法，试图将应犯解京办理。[112]又命外交总长陆征祥往晤驻京法国公使康堆，提出宋教仁被刺案关系南北意见，为泯除南北猜疑起见，拟将此案提京严讯，务期水落石出。[113]袁世凯还通电各省征集意见，豫、晋、陕、滇、鄂、湘、川、粤八督均以保存法权为由，主张提京审办。[114]然而，江苏都督程德全和黄兴都主张将该案归上海讯办。舆论也质疑，洪、应都是中央任命的官吏，平素常奔走于权贵之门，政府提归中央，实欲改易供词，消毁证据，以敷衍了事。[115]同时，法、美、德、英各国公使提出欲维持人道，保障租界治安，须在会审公堂审结，非水落石出时不能引渡。[116]袁世凯这才不得不决定将提京之议取消。[117]迨应夔丞移交上海地方法庭审理后，由于处于国民党人监控之下，袁世凯难以下手，于是他在明知陈其美并非刺宋主谋的情况下，对应夔丞党徒为脱罪而采取的陷害陈其美之举，采取纵容乃至暗中支持策略，借以转移视线，混淆视听，将舆论攻击矛头引向国民党人。[118]
对于赵秉钧，袁世凯动用心思最多。宋教仁被刺后，袁、赵二人都受到了攻击，而赵秉钧所受攻击尤重。为此，赵秉钧屡屡提出辞职，要求出庭与凶手对质，以自证清白。但对袁世凯而言，一方面担心赵秉钧出庭对质将暴露二人以非法手段倾陷政敌的阴谋；另一方面，一旦赵秉钧辞职，他就将失去挡箭牌，舆论对他的攻击就会加大。因此，他对赵秉钧辞职一次次予以拒绝，并力阻其出庭应讯。不仅如此，如前所述，袁世凯方面还制造了一个血光党事件，由一位名叫周予儆的北洋女子师范学堂学生出面自首，诬陷黄兴派其在京组织暗杀机关，然后由京师地方检察厅移请上海地方检察厅票传黄兴到案，作为对上海地方检察厅票传赵秉钧的抵制。此种伎俩让张謇实在看不下去了，致函袁世凯道：吾人深知周予觉、周予儆之诬扳与物证之虚造，于审讯之时必昭然大白于天下国民数千年之特性，对于冤案无不感奋激昂，有同身受，于负人望者横被冤抑为尤然，传诸稗谣，被于闾巷，已成一般社会之心理。何苦故犯众怒，至于如此？[119]
袁世凯的第三个策略，是想方设法纠合各派力量，对付国会内稍占优势的国民党人。
此种策略，早在刺宋案发生以前，袁世凯就已经在实施。刺宋发生后，袁世凯更极力联合统一、共和、民主各党，借以达其目的。[120]工商总长刘揆一赴沪吊唁宋丧之前，曾于3月29日谒见袁世凯，谈及善后事宜，䜣䜣以政党内阁为请，袁意味深长答道：政党内阁殆不成问题也，国会开后视谁党议员占多数，内阁即应归谁党组织之，余何容心焉。[121]其时，外间正传闻有人将组织进步党，袁世凯对刘揆一所言传出后，有人认为：所谓进步党者，即袁大总统仿日本桂太郎组织新政党之办法，以为抵制国民党之物也。[122]虽说袁世凯自己组织进步党之说并不准确，但他的确在谋划利用共和党、民主党、统一党三党联合组织进步党之机对付国民党。为此，他对国民党议员采取了收买分化策略。参议院议长、国民党人吴景濂曾述其事道：
袁、赵恐在沪国民党孙、黄诸先生对此案（指宋案;引者）不能恝置，恐不久有军事发生，又恐国会定四月八日开会后，对此案大肆攻击，虽〔遂〕一面备战，又一面用钱贿买两院国民党议员入拟议中成立的进步党，并唆使孙少侯（名毓筠）等另组政党名为政友会，专收买国民党两院议员，以减少国民党在两院议员之人数。复派孙少侯、林述庆等秘密见予，请予脱离国民党，以五十万元为用，其组党费另外酬给，予严词拒绝之。[123]
日本报纸也有报道，谓袁世凯为了对付国会中的国民党议员，无所不用其手段：
袁以国会中国民党议员颇占多数，遇事掣肘，不能为所欲为，遂以金钱买收国民党议员，且对于该党议员之有力者，以内阁总长之条件诱之，不动，则用他法以制之。如对于有刚直声望之李肇甫，前日曾促其父使之归里，其一证也。又使该党之软派议员组织第三党，以分其势力，而使其纷扰。凡可以达一己之目的者，其手段之险恶，非所顾也。[124]
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