法捕房前在文元坊应桂馨家抄出之木板箱一只，内容秘密。自解检察厅后，陈厅长饬另储妥当房屋之内，派警看守，防护周至。前日已奉江苏都督程君饬，将该板箱解送洋务局。陈厅长发电司法部请示后，昨晨陈厅长会同审判厅长黄涵之君，先备汽车二辆，停候福佑门外，陈、黄二君亲自督同巡长梅南枝君、司法巡警郝云、余涛，带同警备队二十余名，荷枪押解。先用电话知照，法捕房亦派西捕照料。陈、黄二君乘汽车一辆，木箱储放一辆。出城时，有见该箱似洋布木箱形式，颇极沉重，箱上有法捕房封条，及检察厅封条种种。及至洋务局，由黄、陈二君面交程德全、黄兴、陈其美、伍廷芳、陈贻范五君验收。当时程都督即请当场启视，黄兴、陈其美二君阻之，候今日当众订定时刻，到场启视宣布。闻此箱内系抄出武之往来信札要件各物，后因武解堂直认不讳，故此项往来信札要据，迄未察看，即由捕房藏入木箱封固，连武士英一并移解检察厅储藏。日昨法领事署尚要求查阅，陈厅长以内均要件，厅中未便启封，或派封固人到庭公同开看，以昭大公云云。现由聂谳员与李副领事会商办法，再行移覆。[33]
4月20日，陈贻范又邀请黄兴、程德全、王宠惠、伍廷芳等人，在办事处做第二次会验。[34]
由上述报道可知，证据移交相当慎重，程序相当严密。先是在移交前，由捕房、被告及政府代表共同在公堂对证物进行检查，牵涉应夔丞处还由其自行指证明晰，然后严密封固，用汽车载回捕房。向中方代表移交时，再次呈堂，由各代表将各种文件用皮纸包固，火漆烙印，无锁木箱则由谳员加贴公廨封条，然后连同移交公文一并交与接收代表。两名接收代表则各出收条一张，交与公廨正审官，并请其一同护送证物到交涉使署，当面点交。由法捕房移交检察厅的木板箱，在解送洋务局时，也是相当谨慎，先由检察厅长发电司法部请示同意，然后会同审判厅长亲自督同警察队荷枪押解。木箱上除了法捕房封条外，又加贴检察厅封条。至洋务局后，当面交与程德全、黄兴、陈其美、伍廷芳、陈贻范五人验收。正是由于证据移交相当慎重，程序极为严密，故此环节亦未引起任何一方异议。
3.证据保管
应宅所获证物最初由总巡捕房总巡卜罗斯负责保管，卜总巡对此项工作极为重视，据《民立报》报道：
总巡捕房在应桂馨家所获之紧要文件均存在卜总巡之办公室内，卜君以此项文件关系重大，亟应严密防范，除将室门钥匙随身收藏外，无论何人，一概不准擅入，并于每晚特派印捕一名，荷枪彻夜看守，以昭郑重。甚至平时每日清晨例有出店先行入室收拾者，现亦须俟卜君于九时莅止后，亲自启锁，始可入内洒扫。此可见卜总巡对于此案证据非常慎重矣。[35]
证物移交中方后，依旧严密保存。法捕房移交检察厅的板箱仍用火漆盖印封固严密，由检厅严重封守，室外置皮带及水车，以防火患。[36]英捕房移交的证物则保存在海运局，封于一大铁柜内。但因系程德全、黄兴、陈其美等接收，而黄、陈与宋教仁同属国民党，于是舆论有怀疑声音，如共和党《亚细亚日报》有评论写道：
自宋案发生后，南方人士因此案真象未易显露，颇多疑虑。国民党人则欲利用此机会，以为政治上之运用。即彼总统失败、投身实业界之孙中山，近日亦复野心勃勃，在上海宣言带兵北上。现在此案中吴（即吴福铭，亦即武士英;引者）、应二要犯以及种种证据，均已移交中国法庭，闻应夔丞之最要证据，均贮一大铁柜中，其间有应与政府交涉之函件，亦有应与国民党要人交涉之函件。闻现在保管此柜者，乃为黄克强、陈其美、王宠惠、伍廷芳等，此诸人皆隶名党籍，则将来此案果能成为信谳与否，尚属难言。[37]
这种带有一定猜度性质的论调显系针对国民党而发，认为国民党人欲利用宋案发生之机谋取自身政治利益，由此怀疑证物由国民党人保管，宋案能否成为信谳将是疑问。然而，这样的怀疑并无确实根据。关于证物移交交涉使署后的保管情况，曾有人以良心为名，在攻击国民党甚烈的《国报》上发表《呜呼，国民党之自杀政策》一文，谈及其中内幕，文中写道：
平心论之，黄之良心尚未丧尽；陈英士以与应有多年密切关系，惧急治之，并发其覆，故力持稳和态度；惟孙中山似中酒发狂，要亦因少数人之播弄；日为傀儡而不悟其人为何，则戴天仇、何海鸣、陆炜荪（即陆惠生;引者）、吴润斋（即吴佩潢;引者）等败类是也。黄膺白意气亦甚盛。前因武士英暴毙，多人在沪北洋务局会议，处置各项证据事。各项证据俱保存在大铁柜内，其锁匙为吴润斋所收执，不知何故，陈英士语侵吴，吴不怿，即以锁匙缴还程都督，陆炜荪向程索取，程不与，陆愤然曰：吾只信吴润斋，他人俱不可信。程笑语之曰：然则吾亦不可信乎？陆曰：现在除了我皆不可信。程曰：还是阁下好，我则连自己也不信，惟锁匙终不能交与阁下。陆曰：请以手枪奉敬。程仍不为动，曰：听便，听便。遂不欢而散程都督在沪不能自由发一言，又无机会回宁，其所受苦痛不可言状，日惟硬留应省长为伴，迨法庭问题解决，始有可行之势。然恐程、应不拿定主意，将有不能安然离沪之情状。国民党之穷凶极恶，亦可知矣。[38]
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