袁、赵不得不全力应对国民党及舆论铺天盖地的攻击。4月28日，赵秉钧发表自辩勘电。同日，袁世凯亦发表堪电，声援赵秉钧。很快，舆论又予以批驳，认为宋案证据，不可以电辩了事，剖白大总统心迹，不可以一电了事，为赵秉钧计，宜赴有司受法律之裁判，大总统亦惟但赴法庭求伸辩于法律而已。[95]5月1日，共和党人孙武亦上书大总统，提出为保持全国政务进行计，似应准予（赵秉钧）暂行辞职。电云：
    大总统钧鉴：敬启者。武日来叠阅上海程都督、各〔应〕省长宣布宋案证据通电，及赵总理对于各项证据剖析申明通电，知将来非诉诸法律，必不能证清案源，以安英灵而彰公道。在证据中，一月十四日赵总理致应犯函密码送请检收，以后有电直寄国务院一节，国务院为各部长官会同办事之地，私计阴谋焉能出此。即此一节，已足证赵总理与应直接交涉，断无特别隐事。直至三月十三日应犯致洪电，始有若不去宋之语，更可知谋宋动机，系当时由应动议主谋，洪且在被动地位，何论总理。将来水落石出，有罪无罪，必足以昭示天下，此固无庸为赵总理虑者也。惟是当此案未明之时，舆论分歧，赵总理不免处于嫌疑地位。国务总理既处于嫌疑地位，国人之信任心或因之薄弱，一切政务何能积极进行。武微闻总理前已提出辞职书数次，我大总统为保持全国政务进行计，似应准予暂行辞职，静候该案结清，再行复位，庶此案不致牵动政府，民国前途或增稳固。武困思熟虑，以为似应如此，始足以维持大局。一得之愚，是否可采，伏希酌夺，敬请钧安。孙武叩。[96]
    在此情形下，赵秉钧又一次提出辞职。据5月2日《亚细亚日报》载，赵总理日前面谒总统，力陈病体不支，坚求辞职。总统颇致慰留之意，而赵退志甚坚，回寓后即饬办免官呈文，立时呈递。[97]呈文以日来头眩益甚，困顿不支，力疾从公，倍形竭蹶，设有贻误，关系匪轻，请求准予免官，俾资调理。但袁世凯并未批准免官，而是批示：该总理病体未痊，应给假十五日，俾资调理。所请免官之处，应毋庸议。[98]同时令段祺瑞暂代国务总理，接着又令言敦源暂代内务总长。对于这一人事变动，张国淦记道：
    宋案出后，举国哗然，除公布文电外，空气紧张，日甚一日。府方正筹对策，适四月三十日，府秘书长梁士诒自沪返京（在宋案前梁以私事去粤），建议：此事只有先免赵职，改任唐绍仪，另组内阁，以平民党之气。至赵有无嫌疑，再待国民评判，庶可缓和。其时，赵辞职呈文已递多日，总统采用梁说，即令府秘书办赵秉钧免职、唐绍仪为国务总理命令。当电召我到府，嘱将命令带院，由总理署名，交印铸局发表。时有一人在座（不识其人，年约五十岁以上），力言为汉杀晁错，不能止吴濞之兵。总统能始终迁就，即可牺牲晁错；若果有决心，今日万不必出此云云。袁迟回半晌，将命令收回。至五月一日而陆军总长段祺瑞代理国务总理之命令下矣（内务总长以次长言敦源代理）。[99]
    此段中，宋案出后是指程、应4月25日通电全国，撮要公布宋案证据一事。公布文电指政府方面，袁、赵于4月28日发表勘电等事。赵辞职呈文当指前文所引赵呈请解职文稿。由张国淦所记可知，袁曾考虑接受梁士诒的建议，同意赵秉钧辞职，以应对国民党和舆论攻击，但在有人提出汉杀晁错，不能止吴濞之兵后，袁决定收回成命。由于外界普遍将赵秉钧视为袁世凯心腹，并且当时袁世凯事实上也已受到攻击，汉杀晁错，不能止吴濞之兵一说显然触动了袁世凯。袁让段祺瑞代理国务总理，却未准赵免官之请，而是给假15日，令其调养身体，用心十分明显：一方面做出姿态，以缓和国民党及舆论攻击，另一方面继续让赵秉钧充当挡箭牌。只要赵秉钧不免职，袁世凯就多一重防火墙。原本担心袁世凯会牺牲自己的赵秉钧此刻大概也明白袁的用意，知道自己对袁世凯还有用，但心里总是不舒服。故有报道云：赵自迁三海后，终日吞云吐雾，忽曰：我老夫老妻，落此下场，实不甘心。[100]5月15日，赵秉钧以病体依然，呈请续假15日，获得袁世凯批准。[101]6月3日，赵秉钧以病体仍未就痊，第二次呈请续假15日，又获得批准。[102]进入6月中旬后，宋案对袁、赵的冲击渐弱，心力交瘁的赵秉钧于6月16日再次呈请准免国务总理、内务总长本官，遴员继任，但袁世凯仍不同意，批以再给假半月，安心调治，所请免官之处，仍毋庸议。[103]7月12日，二次革命爆发，袁世凯与国民党人彻底决裂，赵秉钧完全失去挡箭牌作用，袁这才于7月16日同意免去赵秉钧国务总理、内务总长本官。此时的袁世凯对赵秉钧应当是既感激，又愧疚，因此隔天便任命赵秉钧为步军统领兼管理京师巡警事务。12月16日，又委赵以直隶都督重任。1914年2月27日赵病卒任上。
    由以上叙述可知，从刺宋案发生直至二次革命爆发的三个多月中，赵秉钧几乎一直在要求辞职或免职，但每一次都被袁世凯拒绝，并遭到袁世凯周围多数人反对。一些舆论对于赵秉钧坚欲辞职，也从一开就持反对论调。如《亚细亚日报》专门刊登社说，对闻听赵秉钧决意提出辞表，表示较闻暗杀宋教仁消息之传来，尤为震骇，认为宋君为社会中之个人，其被暗杀亦为通常习闻之事，即极其关系之重大，不过为政党中重要分子与有学识之一人材，若因社会上杀一个人而总理辞职，则吾未之前闻；即杀一政党中人与有学识之人材，而总理辞职，吾人未之前闻。又认为，洪述祖虽然是内务部秘书，但洪述祖之与刺宋案，为个人行动，为有所主使，尚未可知。但使能实行拿洪解沪，总理对于此案，即可不复过问。若谓社会中有嫌疑总理、指目总理者，则悠悠之口，何所为而不可。身当政局，焉有如许闲情，与社会争气，与报馆斗口。因此，批评赵秉钧提出辞职为无意识之行动，乃妇人女子负气之所为，岂当国重人之所宜出此乎？真所谓不识大体者也。[104]又认为：
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