备受舆论压力的陈其蔚因应夔丞、朱荫榛二犯尚在营仓关押，遂呈文程德全，请派人接替看守，以防意外。呈文详细报告了营仓看守之严密，对武士英之死感到意外，对局外人捕风捉影表示不满。呈文云：
    窃思蔚自接管该犯以来，因案关重大，当传驻团官佐、士兵、夫役等，凡遇个人私事，一律不准请假，并不得擅自出入，即有来宾晋谒，必须禀知蔚允许，准在客厅接见。自头门直至各犯禁门，节次派兵，荷枪配弹，昼夜看守。并派连长一员、排长二员，轮队梭巡，监视勤惰。即各犯饮食，亦必亲自尝试。蔚犹恐官兵勤惰不一，时督同团副张健、副官吕翌亲及各营营长，通宵达旦，分班严密监察，无敢稍懈。黄中将郛每不次来团察视。看守之责既严且密，乃武犯以猝尔毙命，蔚不胜惶惧。当经呈请都督转饬陈厅长及检察官来团检察，并派柯医生带同各西医，将武犯尸身解剖检验。上自头部脑髓，下至直肠，凡心、肝、肺、脾、膀胱、肾脏全行挖出，由该医生每件割去一片，携回医院，用药化验。是毒是病，俟该医生完全化验后，必能明白宣布。乃近来局外之人捕风捉影，谣言蜂起，一则服毒致死，再则监守毒毙，甚至以不实不尽之言登诸报端。然武犯之死，在团监守人员尚不知其理由，何局外者竟言之凿凿也！虽属立言者有心诬蔑，蔚亦惟置之度外。[48]
    经西医柯司等化验，武士英之心、肺及大、小二肠均无毒。柯司并指出：人之胸胃为脏腑最关紧要之件，大凡人之吃食由咽下，复必由胸胃而入肠肚，现在武士英大、小二肠已验无毒质，则胃中亦必无毒可留。但为慎重起见，柯司又邀各西医，配合各种药水，准将胸胃详细考验。[49]其时曾有报道，说尸体检验时，有田医生、两德人、一英人、一法人，异口同声，皆谓受毒身死。肠上粘有半寸阔之磷纸，是为服火柴中毒无疑。[50]对此，陈其蔚予以反驳，指出：该犯武士英自羁营仓以来，除每日所食粥饭之外，余无他物入口。而应桂馨则染有烟癖，曾经呈明，准予给食戒烟药丸，藉以抵瘾。即如应犯吃食香烟，所用燃火，亦不准给予火柴，皆由兵士以纸引火。至于已死武犯，素不吃食香烟，无火柴磷纸，断不得获磷毒而毙。[51]柯司医生也予以否认，认为：凡人如服磷毒而死，肠中异常烫热，且于人死之后，满屋必有磷气冲鼻。再查毒质之中，性较速烈者，又有西药一种，名曰贝麻子经（译音），凡人吞服，毕命甚速，惟死后尸身、手背俱作反弓式样。兹查该犯武士英均无此种形状，似属非毒致命。[52]针对报纸传言另一参与剖验之亨司医生验得毒毙一说，柯司也予以澄清，指出：
    是日动刀破腹之时，乃由各西医决议而行，且亨司医生亦系承剖之医官，用药化验之法均属有书可凭，断无彼是此非、互相歧义之理。即如近日化验该犯脏腑，日与承剖各医官公同研究，并无此说。至于报载亨医生验得毒毙一节，全属子虚，实系外间谣言，碍难作准，请为转报。[53]
    根据报道，柯司医生查验后，又邀请伊格士、希尔纳、侯登三医博士及由吴知事派来之勺博士等帮同将武之五脏化验，以显微镜审查，均无受毒痕迹，再结合送请英工部局卫生局部分之化验结果，最后断定武士英实因肺热症身亡，查得其肺两叶均有湿肿，又查出有杆状微菌。[54]5月21日，《亚细亚日报》刊登了一份武士英病故检验报告，内容如下：
    此次宋案要犯武士英在监病故，由沪特□西国著名医士挨格斯等化验体质，据其报告如下：（一）肝，无变症。（二）脾，略见血多病症，余照常。（三）脑，所取出考验之物系由脑膜与脑连处刮出，此处见脑血迸裂之旧状。（四）心，包膜无变状。（五）肾，见有本体病状。（六）气管，见有血多病状，圆形包膜中血亦过多。（七）肺，肺体气沈，见血多之病状。并经共同决定，系由急性肺炎症蔓延全肺间。[55]
    据此，武士英系死于急性肺炎。
    不过，由于武士英之死时机太过蹊跷，不死于法捕房，不死于移交之日，而忽死于将开庭、未开庭之前之中国营仓，死得奇怪，死得凑巧，[56]因此，也不能完全排除其被毒死可能。只不过由于刺宋既非袁、赵主使，又非革命党内斗所致，且武士英仅为应夔丞所雇一枪手，并不掌握刺案内幕，因此，不论袁世凯方面还是革命党方面，均无杀武灭口的动机与必要，如谓造意者欲杀人以灭口，则所杀者当在应，而不在武。种种枢纽，皆在应一身，武一机械耳，杀之何益？[57]
    因此，如果一定要说武士英系被毒杀的话，应夔丞嫌疑最大，因为武士英为其所雇，只要封住武口，或设法将其除掉，便无人指证其唆使杀宋。应夔丞被抓入捕房之初，看守并不十分严密，其律师得随时入视，研究案情，即亲属之人，亦不禁其探望，[58]完全有可能针对武士英实施某种计划。据《神州日报》报道，二人被抓之初，应桂馨在总巡捕房恐武士英供其主使，遂百计托人往法捕房与武关说，并以某庄所存之银，允为事后奉赠。[59]又据《民主报》报道，法捕头卜看曾向王宠惠报告，说武士英被收押六七日后，有应犯家人以一药水瓶进于武犯，经看守巡捕察出，送人查验，果为极毒之药水，一瓶能杀百数十人，其性至烈。[60]果如此，则应夔丞家人确曾试图毒杀武士英，只是由于毒物被巡捕发现而未能得逞。此事发生于武士英被收押六七日后，也就是3月31日第一次预审开始之前，时机很敏感。很可能因为杀武计划失败，应夔丞方面决定采取拖延策略，在3月31日第一次预审时，由律师爱理斯以案情重大、辩护尚未准备完全为由，提出两礼拜后再讯，但遭到捕房律师侃克和代表政府的德雷斯律师反对，认为被告希图延宕。最后，公堂折中双方意见，决定延后四日再审，从而使应、武二人暂时避免了在公堂开口接受讯问。乘此间隙，应夔丞家人及党徒很可能唆使武士英翻供，要其承认杀宋系其一人所为，与应无关，应夔丞方面则保证设法对其进行救援。因此，4月4日第二次预审时，在捕房律师侃克尚未询及刺案的情况下，武士英忽然翻供曰：刺死宋教仁之事，乃是我一人，并无第二个人。且讲话时声音急促，凶气满面。应夔丞辩护律师沃沛、爱理斯听完后，似觉得意之极，一起起立，极力辩驳。[61]与此同时，应夔丞于4月3日在捕房内写了一封密信给内务部次长言敦源，托律师海司（即爱理斯）及翻译还有其父带往北京椿树胡同言敦源住所求救。在信中，应夔丞一方面通报武士英供认情况，说：武供系陈、冯、吴三人令其暗杀，暗杀之前与应未见一面，今所供三人均未到案；另一方面把武士英在其家被捕，说成宋被难后，凶手武士英被人骗来家中，因夔□□委令，由程雪楼君规定不得直接逮捕见武后，设法留置，一面即定赴宁，与程雪楼商请办法。应夔丞并提出解救他的具体办法，即：商之钦使团，须办到直解北京。用钦使团电致领事团，以捕房探捕押护为是。[62]也就是请外国驻华公使出面，联合驻上海领事团，将他由租界捕房直接提解到北京。显然，应夔丞以为，只有到了北京，他才有机会脱罪。
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