由于洪述祖是赵秉钧的秘书，因此宋教仁被刺后，很多人立刻就将赵视为刺宋幕后主使，然而，这种建立在一般人际关系基础上的推断实在太过简单，也很危险。当宋案证据尚未公布之时，在一片怀疑声中，《时事新报》便发表社论，提醒人们应当注重证据，不可漫加怀疑。其言道：
    今宋案之内容既未披露，则吾人所当望于宋案者，第一即在案中之证据。证据所在，国法随之。古时为亲者讳、为尊者讳之例，决不适用于今日夫洪之所以受嫌疑，则因搜查证据之时，发现应与洪之关系，以证据而被嫌疑，天下所以痛心疾首于洪也。虽然，嫌疑之地，有其界说存焉。若漫无界说，逞一人之私意，一己之私愤，道路之人，皆无不可在嫌疑之列也。以人的关系，而推及于同乡，以官的关系，而推及于同僚，则桑梓之谊不能存，寅寮之间有大戒，恐古之专制时代，瓜蔓抄之牵累，不如是其甚也。[153]
    冯国璋则在证据公布后发表通电，明确表示不能以洪述祖之故，疑及赵总理，电曰：
    宋前总长之被刺，证据已经宣布，所可推测者，洪、应为案中最要之人，其他无可臆断。平情而论，责赵总理之任用非人可也，以洪、应之罪加之于赵，则必不可。按之事实，既无指赵与闻之证实，考之法理，除法庭裁判外，亦无何人可任意加人以罪名。[154]
    赵秉钧之所以被很多人视为刺宋幕后主使，其中一个重要原因是，他于1913年1月14日函送应夔丞的密码电本，后来成了洪述祖和应夔丞策划杀宋的通信工具，而洪述祖又是赵秉钧的秘书，被国民党人视为赵之私人。然而，如果严格依据史料分析，洪述祖产生杀宋之意在3月6日其致应夔丞函中，而应密电本至迟在2月22日赵秉钧就已经交给了洪述祖，因此，赵秉钧对洪、应二人后来利用应密电本策划杀宋之事是否知情，就需要审慎分析。
    赵秉钧手中后来不再掌握应密电本，这一点无可怀疑。先是1913年2月22日，洪述祖有一函致应夔丞，其中写道：
    以后勿通电国务院（除巡缉长之公事不计），因智老已将应密电本交来，恐程君（指国务院秘书程经世;引者）不机密，纯全归兄一手经理。[155]
    赵秉钧对此事的说法则是：洪一日来，谓得应秘电，请假秘电本一用，此后竟未缴还。[156]不管哪一种说法，都证明2月22日以后，赵秉钧手中的确已经不再掌握应密电本。洪述祖1917年在上海公共公廨受审时，曾试图否认这一事实，称：
    川密电本我处留存一本，应密电本则不在我处。我凡遇川密之电，我可当场翻译。惟应密我处并无电本，故收到后即行加封，转送赵之寓所。[157]
    1918年在京师高等审判厅受审时，洪述祖又称赵秉钧实际上并未将密码电本交他，lsquo;应密电本仍存赵之皮箧内，跟随人走，[158]试图将后来他利用应密电本与应夔丞策划杀宋之事转嫁到已死数年的赵秉钧身上。然而，洪述祖所言不过诡辩而已，正如法庭判决书所言，赵秉钧如若未将应密电本交与洪，则洪述祖在2月22日函中就应当告诉应夔丞赵秉钧lsquo;拟将应密电本交来，惟原函明明谓lsquo;已将应密电本交来，其为业经取得，无可置辩。[159]还有，赵秉钧如果未将应密电本交洪，何以应夔丞后来给洪所发应密电报会有乞转呈字样？[160]而且在宋教仁被刺前一天，洪述祖还曾用应密发电给应夔丞，指示事速进行。[161]另据《民立报》驻京记者调查，洪归京后（指洪述祖1月底赴上海调查欢迎国会团真相后返京;引者），与应往来密电甚多，皆用lsquo;应密二字冠首。洪以不到部也，部中得电辄送其家，当时同事等引以为奇，而未动他疑，事后始明其故。[162]另外，前引张国淦所记国务院电务处人言，以后亦未接有上海特别密电，也与洪述祖2月22日致应函恰好可以相互印证，证明2月22日以后，赵秉钧或程经世确已不再掌握应密电本，应夔丞有电也不再直寄国务院。
    但前述两种收授应密电本的说法，内涵却有很大差别。倘若洪述祖所言为真，也就是赵秉钧因担心程经世不机密而主动把应密电本交与洪述祖一手经理，那么，即便2月22日以后赵秉钧不再掌握应密电本，他仍有与洪述祖合谋杀宋嫌疑。倘若赵秉钧所言为真，即应密电本为洪所借去而未归还，则2月22日以后应密电所涉杀宋等事就与赵无关，除非洪述祖主动呈报。因此，两种说法究竟哪种是真，还须加以辨析。
    应夔丞是江苏驻沪巡查长，其职责专在稽查匪情，[163]属于内务部管辖范围。由前述1月14日赵秉钧函送应夔丞密电本的情形可知，赵秉钧对于内务部秘书洪述祖并不信任，因此才要求应夔丞以后有电直寄国务院赵，由国务院秘书程经世译呈或亲自译电，以免洪述祖借机招摇，同时也说明赵秉钧对程经世是信任的。甚至有人称，程经世貌甚美，赵秉钧对其昵爱如拱璧。[164]然而，按照2月22日洪述祖致应夔丞函所述，却成了赵秉钧因为担心程经世不机密，而将应密电本交给洪述祖一手经理。这一明显矛盾，说明洪述祖2月22日函有极大可能是为了欺骗应夔丞，防止其以后仍然通电国务院，从而避开赵秉钧、程经世，将秘密限于二人之间。同时预示着洪述祖正在酝酿大动作。果然，2月22日以后约有半个月，洪、应之间没有任何函电往来。其间洪述祖做了一件很耐人寻味的事，就是于2月27日将家眷由北京搬至天津宿纬路自置房内居住，[165]似乎在做某种准备工作。而到了3月6日，洪述祖即在致应夔丞函中指示其可以乘机对宋下手。洪述祖的这一做法相当阴险，应夔丞后来始终以为杀宋是中央的意思，就与他相信了洪述祖2月22日来函有关。
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